Badem üreticileri, yıl boyunca ağaçlarına özenle bakım yaparlar. Bu bakım işlemleri arasında köklerdeki otların temizlenmesi ve ilaçlama gibi yöntemler yer alır. Ancak, badem ağaçlarının verimini düşüren bazı hastalıkların önceden bilinmesi ve gerekli önlemlerin alınması, üreticiler için büyük fayda sağlar. Aşağıda, bazı badem hastalıklarından bahsedilmiştir.

Badem dal kanseri, badem ağaçlarına zarar veren önemli bir hastalıktır. Bakteriler kışı, ağaçtaki kanser yaralarında ve yaprak izlerinde geçirirler. Hastalığın en belirgin belirtisi, yıllık sürgünlerde ve dallarda oluşan kahverengi yaralardır. Bu yaralar, ağaçların sağlığını bozarak meyve oluşumunu azaltır ve ağacın büyüme ve gelişiminde aksaklıklara yol açar. Enfekte olmuş kabuk dokusu zamanla yayılır ve kanserlere neden olur. Bu hastalık, sadece badem ağaçlarında görülmektedir. Hastalığa karşı budama işlemleri ve kimyasal müdahaleler etkili bir şekilde kullanılmaktadır.

Badem iç kurdu, siyah renkli küçük bir arıcık olup, dış görünüşü kanatlı bir karıncaya benzemektedir. Bu zararlı, meyve içinde pupa oluşturarak yayılır. Badem iç kurdu, yumurtalarını meyve içine bırakarak meyve üzerinde iz bırakır. Ancak, meyve üzerindeki yaralar zamanla kaybolur. Asıl zararı, larvalar yapar. Larvalar, kabuğun iç kısmını tamamen yiyerek ağacı zayıflatır ve kurumasına neden olur. Ergin meyveden çıkış yaptıkları noktada yaklaşık 2 mm çapında bir delik açarlar.

Yazıcı böcekler, ağaçların odun ve kabuk kısımlarında tüneller açarak zarar verirler. İlk tünelde bırakılan yumurtalardan çıkan larvalar, ikinci bir tünel açarlar. Ergin böcekler, ağaçların dip kısımlarına girerek kurumasına neden olurlar. Bu canlılar genellikle zayıf ve kuvvetsiz dal ve dalcıkları tercih ederler. Beslenme düzeyleri bozulan dal ve dalcıklar kurur. Bazen sağlam ağaçlara da saldırarak, o yılki verimi düşürürler ve iki yıl içinde ağaçları tamamen kurutabilirler.